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生物學(xué)家和計算機科學(xué)家如何有效合作?
發(fā)布時間:2022-05-21 21:23:00


圓桌討論的想法
在過去五年中,生物學(xué)家已經(jīng)獲得了以低成本生成更大數(shù)據(jù)集的能力,因此開始更頻繁地與數(shù)學(xué)家、統(tǒng)計學(xué)家和生物信息學(xué)家合作,以確定存儲、分析和解釋這些數(shù)據(jù)的最佳方法。作為一名訓(xùn)練有素的生物數(shù)學(xué)家,我已經(jīng)學(xué)會了如何在自己的研究中整合計算和實驗技術(shù),因此與實驗家和計算科學(xué)家合作對我來說很自然,而且我經(jīng)常發(fā)現(xiàn)自己將我的統(tǒng)計專業(yè)知識借給了我的同事。然而,我經(jīng)常想知道純實驗主義者與計算科學(xué)家接觸和合作是多么容易,反之亦然。實驗者經(jīng)常以相對簡單的任務(wù)接近生物信息學(xué)家。作為計算科學(xué)家,我們?nèi)绾尾拍?br /> 第一步可能是嘗試將實驗科學(xué)家和計算科學(xué)家放在可以交流、學(xué)習和形成合作的同一空間中。最近的一個例子發(fā)生在愛荷華州立大學(xué),在那里我參加了一個題為“通過計算表型發(fā)現(xiàn)新候選基因”的小型研討會。


ISU 總統(tǒng)跨學(xué)科研究種子 (PIRS) 授予了遺傳學(xué)、發(fā)育和細胞生物學(xué)系的 Diane Bassham 博士、Carolyn Lawrence-Dill 博士和 Drena Dobbs 博士以及 Dr. . 來自動物科學(xué)系的 Matthew Ellinwood。該研討會被宣傳為一個跨學(xué)科活動,鼓勵實驗和計算科學(xué)家參加,其想法是在他們之間開始新的對話并建立新的合作。甚至研討會的圖像也鼓勵跨學(xué)科,比較小鼠神經(jīng)元和植物毛狀體之間結(jié)構(gòu)的相似性。
我們認為“簡單”或“容易”的概念,例如何時使用非參數(shù)檢驗或 p 值的含義,可能并不容易被實驗者理解
我發(fā)現(xiàn)研討會上長達兩個小時的親和小組討論特別有意義。對于這些討論,我們被鼓勵在會議期間提出主題,隨后組織者選擇了四個主題進行圓桌討論。其中兩個主題側(cè)重于改進生物信息學(xué)教育和增加跨學(xué)科交流。


討論跨學(xué)科合作的與會者提出了挑戰(zhàn),既要開始此類合作,又要弄清楚如何更好地促進它們。例如,有時由于“語言障礙”,跨學(xué)科合作永遠不會起步。任何一方的人都用對方無法理解的過于專業(yè)的術(shù)語說話。作為計算生物學(xué)家,重要的是我們要理解我們認為“簡單”或“容易”的概念,例如何時使用非參數(shù)檢驗或 p 值的含義,可能并不容易被實驗者理解. 另一方面,實驗者應(yīng)該記住,許多數(shù)學(xué)家和計算機科學(xué)家可能甚至沒有上過普通的本科生物課。
作為一個團隊,我們還一致認為,要使合作取得成功,重要的是要花費額外的時間和精力來確保每個人都理解基本概念,然后再繼續(xù)解決復(fù)雜的問題。除此之外,雙方的人都需要在缺乏知識的情況下保持安全,并且不要害怕提出對其他人來說似乎很明顯的“愚蠢問題”。


最后,我們一致認為協(xié)作應(yīng)該是自然而直觀的,而不是強迫的。這個親和力小組提出的建議得到了許多關(guān)于成功合作科學(xué)的工作的支持,例如 PLOS 計算生物學(xué)的“十個簡單規(guī)則”系列中的條目(發(fā)表于2007 年、2015年和2017 年),以及來自 2017 年的一項研究合作工作研究所的“理解合作心理學(xué)”都總結(jié)了有效合作的趨勢。
我個人同意這些關(guān)于促進跨學(xué)科合作的建議,但我也認為通過教育年輕學(xué)生如何成為跨學(xué)科科學(xué)家,可以更早地解決合作中的困難。
我很幸運有機會在我的本科院校里士滿大學(xué)學(xué)習跨學(xué)科科學(xué),作為其綜合包容性科學(xué)計劃的第一批成員。該計劃的教師后來發(fā)表了他們的發(fā)現(xiàn),即與未參加該課程的學(xué)生相比,該跨學(xué)科計劃的學(xué)生更有可能參加額外的數(shù)學(xué)、物理和計算機科學(xué)課程。其他教育機構(gòu),如北卡羅來納州立大學(xué)、斯坦福大學(xué)、三一學(xué)院、卡內(nèi)基梅隆大學(xué)等,也在追隨這一趨勢,并在本科和研究生階段提供自己的綜合科學(xué)課程。


在愛荷華州的親和小組討論中,我們還得出結(jié)論,與其嘗試設(shè)計一個全新的專業(yè)或課程,不如提供跨學(xué)科科學(xué)的小型模塊化課程對于已經(jīng)被大量課程淹沒的本科生和研究生更有效——加載。以我自己的經(jīng)驗,我作為本科生修讀的綜合包容性科學(xué)輔修課程占用了其他專業(yè)課程太多的時間,學(xué)生們覺得他們必須在專注于他們的專業(yè)和參與該項目之間做出選擇。
在研討會上,我們的參與者還設(shè)想這些模塊化課程應(yīng)該由生物學(xué)家和統(tǒng)計學(xué)家共同教授,涵蓋諸如生物統(tǒng)計學(xué)、非參數(shù)和非線性統(tǒng)計學(xué)、信息論、機器學(xué)習、基礎(chǔ)數(shù)學(xué)建模和基礎(chǔ)編程。這些模塊也應(yīng)該面向一年級和二年級學(xué)生,而不僅僅是已經(jīng)宣布專業(yè)的學(xué)生,因為我們認為這些跨學(xué)科主題的教育應(yīng)該在職業(yè)生涯的早期開始。最后,我們認為,雖然可以提供有關(guān)這些主題的課程的資源,但我們發(fā)現(xiàn)它們對學(xué)生來說是無法獲得的(即廣告宣傳不佳或在付費墻后面)或課程本身缺乏(即課程假定一定程度的背景知識,并非所有學(xué)生都有)。


總之,我認為更多的研討會和會議應(yīng)該包含專注于跨學(xué)科教育和合作的討論組,以便我們能夠繼續(xù)獲得反饋、改進現(xiàn)有項目并開發(fā)新的解決方案。
根據(jù)我的個人經(jīng)驗,以及我在 2019 年 PIRS 小型研討會上從其他人那里聽到的信息,我強烈鼓勵對跨學(xué)科主題感興趣的年輕科學(xué)家現(xiàn)在就開始學(xué)習。參加暑期編程課程或參加專業(yè)以外的課程只是因為它聽起來很有趣,而不是因為它是必需的。我也鼓勵那些跨學(xué)科合作的科學(xué)家開始更多的對話。我們應(yīng)該向我們的合作者介紹我們更廣泛的專業(yè)網(wǎng)絡(luò),并幫助我們的科學(xué)家同行找到新的合作。
通過更好的教育和網(wǎng)絡(luò),我們可以改善所有科學(xué)家的資源,以便隨著技術(shù)的不斷發(fā)展、數(shù)據(jù)集的不斷擴大以及生物學(xué)問題變得越來越復(fù)雜,我們可以提供迫切需要的跨學(xué)科解決方案。

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